Ze względu na wyjątkowe walory przyrodnicze i krajobrazowe okolic Jeziora Zegrzyńskiego na większości terenu powiatu legionowskiego utworzono Warszawski Obszar Chronionego Krajobrazu. Ustanowiono tu także dziesięć rezerwatów przyrody („Wąwóz Szaniawskiego”, „Zegrze”, „Jabłonna”, „Łęgi Czarnej Strugi”, „Bukowiec Jabłonowski”, „Wieliszewskie Łęgi”, „Puszcza Słupecka”, „Jadwisin”, „Ławice Kiełpińskie” oraz „Kępy Kazuńskie”), obejmujących tereny i siedliska o naturalnym lub mało zmienionym w stosunku do naturalnego charakterze. Rzeźbę terenu charakteryzuje duża różnorodność. Rozległym kompleksom leśnym towarzyszą grądy i łęgi. W lasach, obok pospolitych gatunków, występują także rzadkie drzewa i rośliny - brzoza czarna, wawrzynek wilcze łyko, przylaszczka, borówka bagienna, widłaki oraz chronione gatunki paprotników. Na łąkach nadnarwiańskich można spotkać stanowiska storczyków. Także fauna obszaru Lokalnej Organizacji Turystycznej „Przystań w sercu Mazowsza” jest bardzo bogata, a ekologiczna czystość sprawia,
że siedliska mają tu rzadkie gatunki zwierząt - wilk, wydra, kilka gatunków nietoperzy, zimorodek, puchacz, żółw błotny, rzekotka drzewna i ropucha szara. Jedną z ciekawostek jest największe zimowisko nietoperzy w Polsce północnej i wschodniej zlokalizowane w forcie w Janówku. Na terenie powiatu ustanowiono aż dziewięć obszarów Natura 2000. W sumie znajduje się tu ponad 120 pomników przyrody, z czego ponad 50 zlokalizowanych jest w przypałacowym parku w Jabłonnie.
Powierzchnia obszaru powiatu legionowskiego wynosi 39 076 ha, z czego 28 123 ha stanowi Warszawski Obszar Chronionego Krajobrazu, 2,54 ha zespół przyrodniczo-krajobrazowy w Dębem oraz dziesięć rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni 1 794,53 ha (z czego na terenie powiatu 954,28 ha). Rejon Jeziora Zegrzyńskiego stwarza wymarzone warunki dla zapalonych przyrodników i turystów poszukujących aktywnego wypoczynku. To również doskonałe miejsce azylu dla wszystkich, którzy chcą oderwać się od codziennego życia w zatłoczonym mieście.
Pomniki przyrody
Na terenie działania Lokalnej Organizacji Turystycznej znajduje się ponad 120 pomników przyrody wpisanych do Rejestru Wojewódzkiego Konserwatora Przyrody, a wśród nich najliczniej występuje dąb szypułkowy Quercus robur. Ponadto pomnikami przyrody są wiąz szypułkowy Ulmus laevis, wierzba biała Salix alba, jesion wyniosły Fraximus exelsior, lipa drobnolistna Tilia cordata, modrzew europejski Larix decidua, glediczja trójcierniowa Gleditsia triacanthos, topola biała Populus alba, klon pospolity Acer platanoides, grab pospolity Carpinus betulus, buk zwyczajny Fagus sylvatica, topola czarna Populus nigra, jałowiec pospolity Juniperus commmunis, sosna zwyczajna Pinus silvestris, wiśnia ptasia Prunus avuim, żywotnik zachodni Thuja occidentalis. Do pomników przyrody zaliczono również trzy głazy narzutowe (granitognejs, granit różowy i granitoid różnoziarnisty), które znajdują się na terenie gminy Serock.
Park przypałacowy w Jabłonnie
Dominującymi gatunkami drzew liściastych w parku są lipy, klony, dęby i topole. Pojedynczo występują jesiony, wiązy, kasztanowce i graby. Gatunki iglaste reprezentują sosny, modrzewie, pojedyncze świerki i jodły. Wiek drzew jest bardzo zróżnicowany, najstarsze mają około dwustu lat. Na terenie parku Referat Zarządzania Środowiskiem Starostwa Powiatowego w Legionowie opracował ścieżkę przyrodniczą uwzględniającą 58 pomników przyrody, obejmujących osiem gatunków (glediczja trójcierniowa, jesion wyniosły, modrzew europejski, klon zwyczajny, lipa drobnolistna, dąb szypułkowy, topola biała, wiąz szypułkowy, grab pospolity).
Rezerwat „Jabłonna”
Utworzony w 1980 roku. Zajmuje powierzchnię 21,66 ha, na której ochronie podlegają resztki naturalnych zbiorowisk leśnych o dużym zróżnicowaniu typologicznym i siedliskowym, z fragmentami świetlistej dąbrowy. Obszar charakteryzuje duża różnorodność geomorfologiczna. Z północy na południe rezerwatu teren stopniowo obniża się, tworząc wąwozy erozyjne. W tej niżej położonej części występują zbiorowiska grądowe z drzewostanami dębowo–sosnowymi i dębowymi. Warstwę dolną tworzą grab z domieszką lipy drobnolistnej, dębu szypułkowego, klonu i wiązu polnego. W warstwie krzewów występują kruszyna i czeremcha zwyczajna. W części północnej rezerwatu zbiorowiska drzewostanu są uboższe – borowe z fragmentami świetlistej dąbrowy. Dominują tu 140-letnie sosny i dęby. W warstwie krzewów występują jałowiec, kruszyna, berberys oraz dąb szypułkowy. W warstwie runa do najciekawszych gatunków należą koniczyna dwukłosowa, gorysz pagórkowaty, dzwonek brzoskwiniolistny oraz pięciornik biały.
Rezerwat „Bukowiec Jabłonowski”
Powstał w 1990 roku. Obejmuje powierzchnię 37,74 ha. Około 70% terenu rezerwatu pokrywa roślinność lasów mieszanych z panującym dębem, udziałem sosny, buka i brzozy brodawkowatej, sporadycznie brzozy czarnej. Licznie występuje tu kruszyna i wiciokrzew w warstwie krzewów. Wiek pojedynczych dębów i buków sięga 150 lat, niektóre z nich, zwłaszcza buki, osiągają wymiary pomnikowe. Znaczną powierzchnię rezerwatu zajmują bory świeże z runem czernicowo–wrzosowiskowym i ponad stuletnim drzewostanem. Największe walory rezerwatu to zróżnicowanie drzewostanów i zbiorowisk leśnych - od borów po grądy, przewaga starych drzewostanów, zarówno iglastych, jak i liściastych, a także wyspowe rozmieszczenie odnawiającego się buka oraz obecność dorodnych egzemplarzy brzozy czarnej.
Rezerwat „Ławice Kiełpińskie”
Utworzony w 1998 roku. Obejmuje oba brzegi Wisły, od Nowodworów na Tarchominie w Warszawie, przez Łomianki oraz Jabłonnę, aż do Dziekanowa i gminy Czosnów. Całkowita powierzchnia rezerwatu wynosi 803 ha. Jest to drugi co do wielkości, po rezerwacie „Las Kabacki im. Stefana Starzyńskiego”, rezerwat na Mazowszu. Ochronie podlegają ostoje lęgowe rzadkich i ginących gatunków ptaków występujących na obszarze rzeki Wisły. Cały rezerwat obejmuje przeszło siedmiokilometrowy odcinek Wisły, na którym rzeka utworzyła liczne wyspy. W południowej części rezerwatu znajdują się piaszczyste ławice o niskim stopniu rozwoju roślinności, będące miejscem lęgowym kolonii rybitw białoczelnych. W części północnej zlokalizowane są starsze wyspy pokryte wiklinowiskami. Najczęściej występują tu wierzba biała i purpurowa. Wśród awifauny najliczniejsze gatunki lęgowe stanowią mewa pospolita, mewa śmieszka i rybitwa zwyczajna. Z rzadkich gatunków zalatujących należy wymienić siewkę złotą, biegusa zmiennego, kulika wielkiego, brodźca zmiennego oraz rybitwę popielatą.
Rezerwat „Kępy Kazuńskie”
Powstał w 1998 roku. Znajduje się na terenach gmin Jabłonna, Czosnów i miasta Nowy Dwór Mazowiecki. Ma powierzchnię 544,28 ha, obejmuje naturalne koryto Wisły z jej wyspami, łachami i brzegiem. Jest ostoją lęgową rzadkich i ginących ptaków oraz nadzwyczajnych walorów krajobrazowych rzeki. Wisła na terenie rezerwatu tworzy liczne wyspy i starorzecza. Występuje tu roślinność w różnych stadiach sukcesji, od wodnej, poprzez szuwarową i bagienną, do lasów olszowych. Na piaszczystych łachach występują zbiorowiska Limosella aquatica i Cerperus fuscus oraz lepiężnika kutnerowatego. Starsze wyspy porastają głównie wierzby krzaczaste. Najczęstsze są tu wierzba wiciowa i wierzba trójpręcikowa, świadczące o przekształcaniu się środowiska w łęg topolowo–wierzbowy. Fauna rezerwatu jest bogata w ptaki wodno–błotne. Występuje tu około 30 gatunków lęgowych i 40 zalatujących. Z ptaków lęgowych najliczniej reprezentowane są mewa pospolita, rybitwa zwyczajna oraz rybitwa białoszczelna.
Rezerwat „Wieliszewskie Łęgi”
Położony jest w pradolinie Narwi, w gminie Wieliszew. Znajduje się około dwóch kilometrów na zachód od Zegrza Południowego, nad brzegami Jeziora Zegrzyńskiego. Od wód Jeziora oddziela go wał przeciwpowodziowy. Został utworzony zarządzeniem Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z 25 czerwca 1990 roku. Ochroną objęto naturalne zbiorowiska roślinne, ze szczególnym uwzględnieniem gatunków storczykowatych. Ma powierzchnię ponad 18 ha i zwany jest także „Storczykowym Gajem”, z uwagi na to, że jest najbogatszym stanowiskiem storczyka w województwie mazowieckim. Występują również dereń, szakłak, kruszyna oraz dąb. Teren jest dość zróżnicowany - poza łęgami występują tu wydmy piaszczyste, bagna, starorzecza. Dogodne warunki gniazdowania mają tu liczne gatunki ptaków - remizy, kaczki krzyżówki, czapla siwa.
Rezerwat „Wąwóz Szaniawskiego”
Leśny rezerwat przyrody utworzony w 1977 roku na terenie wsi Jadwisin w gminie Serock. Początkowo zajmował 11,50 ha, w 2011 roku został powiększony do 13,9312 ha. Wokół rezerwatu wyznaczono otulinę o powierzchni 34,03 ha. Celem ochrony jest zachowanie drzewostanów o charakterze zbliżonym do naturalnego, odznaczających się różnorodnością zbiorowisk roślinnych. Na terenie rezerwatu występuje las mieszany z sosną i pomnikowymi dębami porastającymi zbocze wąwozu i wysoką skarpę doliny Narwi. Inne gatunki występujące na terenie rezerwatu to klon, lipa, grab. W podszyciu występują leszczyny, porzeczki alpejskie, głóg dwuszyjkowy. Urozmaicenie stanowi resztka drzewostanu parkowego, złożonego z tuj, topoli kanadyjskich i robinii. Wyróżniono tu 34 pomniki przyrody, w tym dwa głazy – granity. Nazwa rezerwatu pochodzi od nazwiska Jerzego Szaniawskiego. Poeta był właścicielem majątku znajdującego się na terenie obecnego rezerwatu.
Rezerwat „Jadwisin”
Leśny rezerwat przyrody zlokalizowany w gminie Serock. Leży na granicy Wysoczyzny Ciechanowskiej i doliny Narwi. Został utworzony w 1996 roku. Zajmuje powierzchnię 93,39 ha. Wokół rezerwatu wyznaczono otulinę o powierzchni 52,50 ha. Przedmiotem ochrony jest fragment kompleksu leśnego położonego na skarpie doliny Narwi w pobliżu Serocka. Stanowi on pozostałość dawnej Puszczy Serockiej. Występują tu bogate siedliska grądów i lasów mieszanych, porośnięte drzewostanem mieszanym z dużą ilością pomnikowych dębów szypułkowych i sosen pospolitych. Na terenie rezerwatu dopuszczalne jest poruszanie się piechotą po wyznaczonym szlaku, a także pojazdami po wyznaczonej drodze.
Rezerwat przyrody „Zegrze”
Leśny rezerwat przyrody utworzony w 1979 roku na terenie gminy Serock. Zajmuje powierzchnię 64,29 ha. Celem ochrony jest zachowanie fragmentu naturalnych lasów mieszanych z udziałem dębu bezszypułkowego. Tutejszy drzewostan tworzą także sosna zwyczajna i brzoza brodawkowata. W warstwie krzewów występują kruszyna, jarzębina i jałowiec. Do gatunków rzadkich i chronionych występujących w runie należą lilia złotogłów, turówka leśna, naparstnica żółta, miodownik melisowaty, orlik pospolity.
Rezerwat „Łęgi Czarnej Strugi”
Rezerwat leśny o powierzchni 39,53 ha, utworzony w 1980 roku. Położony jest w Lasach Drewnickich, na południe od szosy Marki-Legionowo. Rezerwat ustanowiony został w celu ochrony wilgotnego lasu łęgowego, w którym dominuje olsza czarna z domieszką jesionu wyniosłego i dębu szypułkowego. Ochroną objęty jest 80-letni drzewostan, na który składają się wiązy szypułkowe, jesiony wyniosłe, olchy czarne. W bogatym podszyciu występują czeremcha, leszczyn, dereń, kalina, porzeczka. W runie bytują rzadkie i chronione rośliny - niecierpek, szczyr trwały, kurdybanek, jaskier kosmaty. Na terenie rezerwatu znajdują się stanowiska lęgowe ptaków i ostoja zwierzyny - występują tu rzadkie traszki i kumaki. Od zachodu obszar sąsiaduje z podmokłymi terenami Brudnej Łąki i Marysina oraz uroczyska Serwituty.
Rezerwat „Puszcza Słupecka”
Rezerwat leśny, który został utworzony w 1993 roku na powierzchni 160,56 ha dzięki staraniom prof. Witolda Rosy, kierownika Zakładu Urządzania Lasu SGGW w latach 1977-1985. Znajduje się na południowo-wschodnim krańcu gminy Nieporęt, w widłach dróg Marki-Nieporęt i Marki-Legionowo, nad rzeką Czarną. Nazwa nawiązuje do historycznej puszczy w okolicach Słupna, która została mocno przetrzebiona przez wycinkę lasu i eksploatację torfu. Na terenie rezerwatu dominuje typ lasu łęgowego, olsy, grądy i bór mieszany - 80% drzewostanu tworzą olsza i brzoza. Rezerwat jest jednym z najcenniejszych obszarów leśnych Mazowsza. Występuje tu wiele gatunków rzadkich roślin chronionych, a wśród nich wawrzynek wilczełyko – silnie trująca roślina, jej owoce po spożyciu mogą spowodować śmierć człowieka. W rezerwacie gniazdują wilgi, czarne bociany, żurawie, występują łosie, sarny, dziki, jenoty, lisy, a wśród gadów także żmija zygzakowata.